카톨릭 교회의 영지에서 시작되었으며, 농민들의 주요 공격 목표가 카톨릭 성직자들의 집과 수도원 등이었던 것이다.¹⁷⁸⁾ 따라서 루터는, 이러한 복음을 억압하는데 앞장을 섰었고 지금도 복음을 억압하려고 하는 카톨릭 교회 측에 대해 복음을 억압하지 말도록 요구하였다.
1525년 9월말경 루터는 칼슈타트(Andreas Karstadt)의 "변명"(Entschuldigung)에 서문을 쓰면서, 반란에 책임이 있는 것은 농민들뿐만 아니라 카톨릭 제후들과 주교들이라고 비판하였다. 그들이 복음주의적인 설교자들을 몰아냈기 때문에 반란자들이 봉기할 수가 있었다고 했다. 이 때문에 새로운 반란이 또 일어날 위험이 있다고 경고하였다.¹⁷⁹⁾ 농민들의 요구조건을 담은 "농민 12개조"의 제1조가 "목회자를 선택하고 임명할 권한과 권위"를 복음을 억압하는 카톨릭 제후 같은 개인이나 카톨릭 교회가 아니라 "전체 공동체"가 가져야 된다고 요구했던 것을 감안하면, 루터의 주장은 타당성을 갖는다.¹⁸⁰⁾ 그러나 게오르크는 1525년 10월 8일, 루터가 제후들을 비판하면서 또 사람들에게 아첨을 하고 있다면서 이 일을 선제후 요한에게 강력하게 항의하고 루터를 처벌할 것을 요구했다.¹⁸¹⁾
이에 대해 루터는 12월 21일 게오르크 공작에게 "겸손한" 편지를 보내, 루터의 가르침에 대한 박해를 중지할 것과 자신이 전에 공격했던 것을 용서해 줄 것을 요청했다. 그렇지 않으면, 루터는 공작에 대항하는 "기도라는 강력한 무기"를 쓸 수밖에 없는데, 그 때 게오르크 공작은 뮌쩌를 공격하는 것과 루터를 공격하는 것은 전혀 다르다는 것을 경험하게 될 것이라고 경고했다.¹⁸²⁾
루터는, 뮌쩌가 반란을 일으키고 폭동을 선도하는 등 잘못된 정치적 행동을 한 것은 뮌쩌의 잘못된 종교관의 당연한 귀결이라고 생각했다. 그렇기 때문에 뮌